党委办公室
党委组织部
党委统战部
纪委办公室
党委宣传部
党委巡察办公室
教师工作部
学生工作部
研究生工作部
保卫部
武装部
机关党委
工会
团委
校长办公室
人事处
人才工作领导小组办公室
发展规划与学科建设处
计财处
审计处
教务处
科学技术处
学工处
招生就业处
研究生院
保卫处
国际交流合作处(港澳台事务办公室 )
离退休工作处
基建后勤处
实验室与设备管理处(国有资产管理处)
玄武门校区管委会
信息化建设管理处
招投标办公室
药学院
中药学院
生命科学与技术学院
国际医药商学院
理学院
工学院
基础医学与临床药学学院
11474蒙特卡罗
多靶标天然药物全国重点实验室
生物药物学院
孟目的学院
现代制药产业学院
外国语学院
马克思主义学院
体育部
继续教育学院
国际教育学院
图书馆
图书与信息中心
期刊编辑部
后勤服务集团
药大控股
文化艺术教育中心
心理发展中心
公共实验平台
国家药物政策与医药产业经济研究中心
杭州创新药物研究院
重庆创新研究院
公共卫生与应急药学研究院
医药大数据与人工智能研究院
原创药物技术创新研究院
药物代谢动力学重点实验室
药物质量与安全预警教育部重点实验室
新药筛选中心
江苏省药物分子设计与成药性优化重点实验室
江苏省肿瘤发生与干预重点实验室
南京开放实验室
国家执业药师发展研究中心
新药研究中心
江苏省代谢性疾病药物重点实验室
江苏省生物药物成药研究重点实验室